根据《广东省地质局所属事业单位分类改革方案》，广东省环境地质勘查院于2012年12月成立，其主要职责是从事环境地质勘查与研究工作；参与编制和实施全省环境地质勘查、地质遗迹调查、海岸带地质调查工作规划；参与编制全省环境地质技术规范标准；指导各地环境地质勘查所业务工作，建立全省环境地质勘查体系，建设环境地质技术资料库与技术信息数据平台；开展环境地质调查研究与评价工作，编制全省环境地质图、环境地质简报等，为政府相关部门提供地质环境治理的对策或建议；开展对地下水污染治理、被污染土壤的修复治理研究工作；开展地质环境保护、环境地质调查评价与监测的技术交流与合作；为省政府地质环境保护管理工作提供技术支撑等。核定事业编制172名。
       单位业务范围主要包括环境地质勘查、矿产地质勘查、工程地质勘察、地基与基础施工和多种经营。持有4个地质勘查甲级资质（液体矿产勘查、固体矿产勘查、水文、工程、环境地质调查、地球物理勘查）、1个地质勘查乙级资质（岩矿鉴定），5个地质灾害防治工程甲级资质（评估、勘查、设计、施工、监理），工程勘察综合甲级资质、地基基础施工一级资质、环境污染治理资质（临时）、计量认证资质认定。
       内设6个综合管理部门，包括办公室（与党委办公室、工会合署）、财务科、人事科（与离退休人员管理科合署）、监察科（与审计科合署）、技术管理科（与质量管理科、安全生产管理科、资料室合署）、经营管理科；内设3个业务部门，包括环境地质研究所（与水文地质研究所合署）、地质调查所、地质灾害防治所。
       代管企业广东省地质建设工程集团公司，地建集团直属公司10个，包括广东省地质技术工程咨询公司、广东省华南工程物探技术开发总公司、广东省地质矿产公司、广东地下管网工程勘测公司、广东粤利工程公司、广东省广地珠宝首饰公司、广东省地质局劳动服务公司、广东大地基础工程总公司、广东省地质建设工程勘察院、广州市金地地质工程咨询监理有限公司。
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